影片中的故事是发生在日本与那国的一座真实存在的、沉睡海底万年的古城之中。一九八六年，一名潜水员潜进了日本最西端的与那国岛海域里，在深海的海床上，意外地发现了用巨石建造的都市遗迹，震惊世界的海底文明正式曝光。其后人们不断在Iseki Point的海域里，发现无数教人匪夷所思的石质建材，包括巨型石块、石柱、大型阶梯建筑、经过打磨的梯级、运河、洞穴和雕刻等文明产物。最后专家推断这大片珍贵遗迹，是大约一万年前陆沉的先进都市。从此，一个本来藉藉无名的日本外岛，距离台湾仅一百十一公里的僻偏小岛，聚焦了全球目光，成为考古学上另一个光芒四射的魅力焦点。
徐克在拍摄《深海寻人》时决定以全程实景拍摄的手法，将这个充满挑战性的海底都市作故事背景，拍摄一部集合悬疑、惊悚、浪漫于一身的电影。大部分日本人都不知道，这是首家电影公司，愿意花费巨资、人力和时间，认真制作一部以与那国岛遗迹为题材的电影作品。
因为这个庞大的海底建筑遗迹，有着很多与众不同的特征。首先，那些经过加工的石块都非常巨大，而且排列得很集中。这些石巨形成一幢巨大阶梯型建筑，外型有点像金字塔，最大的石块长二百五十米，高二十五米；斜坡一般的外墙，加上大角度的脚踏，令人推测那是一个供人膜拜的场所。另外，在大堆石雕之中，屹立着一块形势独特的巨石，该石约七米高，外型彷佛像一张男性面孔，上面并刻上很多眼睛。附近的海床上，还发现一块刻有巨龟的巨石。有人相信，这巨龟石就是日本家传户晓的神话，蒲岛太郎故事里的巨龟。在那个寓言中，心性善良的年轻渔夫拯救了大海龟，获邀畅游奇异魔幻的海底王国。不管如何，这些遗迹不但开拓了人类文明研究的新领域，丰富了传统寓言的内涵，今天更为电影工作者带来全新的创作空间。在《深海寻人》中，观众即可看到这些巨型的石阶、人像的巨石，在这个充满史前遗迹的玄幻空间里，徐克导演将会带来一场曲折悬疑的爱情故事。

花絮：
·影片将在日本冲绳岛的水底开拍。黄百鸣说：“这次是一个很大胆挑战，我们请的是有潜水经验的摄影师，包括灯光师，导演、演员的其他剧组成员也都要到水底去工作。在拍摄前，没有经验的工作人员特别是演员要训练适应水底的工作环境。这个是个蛮大的工程，所以之前的准备工作要做得很充足。”